蛋白质折叠@超级计算机

Vijay Pande..’Stanford的化学和结构生物学群已知 折叠@家,一个分布式计算项目,借用来自家庭计算机的计算时间来模拟蛋白质如何形成的方式。

现在,其他研究人员将能够利用杉木的计算技术’S集团在过去十年中发展起来。推出的超级计算机的新分布式框架 哥白尼,是本周在SC11,在西雅图的国际超级计算会议上颁发。

哥白尼是与瑞典伊利克林拉的实验室合作开发的’科技皇家理工学院与斯德哥尔摩大学和弗吉尼亚大学大学的彼得卡森。

“We’将折叠@ HOME带到超级计算机,”潘德说,化学教授。

蛋白质控制几乎所有的生命’S功能,但它们如何自组装或折叠,是生物学中的一个未解决的问题。了解折叠的变化可能导致蛋白质错误折叠引起的疾病的治疗,如Alzheimer’s and Parkinson’s.

通过塑造蛋白质折叠,Pande说,“我们希望获得精美的细节和信息,您可能无法从实验中获取。”

折叠@ home使用数百万家用计算机和视频游戏控制台用户捐赠的处理器时间。它通过从年到几天切割蛋白质折叠模拟时间来提前分子动力学领域。最近,潘德’S组使用折叠@ HOME模拟以调查Alzheimer的新治疗方法’s.

折叠@ Home的广泛计算资源已获得Pande及其合作者。使用开源Copernicus软件,其他研究人员可以使用多个超级计算机或计算集群的加工程序时间运行模拟,包括分子模型,而不是家庭计算机。

“它使用这些方法为大量人群打开了大量的人,这些方法已经成熟了折叠@ home,” Pande said.

令人兴趣地求解蛋白质结构并在手头上具有大型计算集群,制药公司是一个潜在的哥白尼用户组的示例。

哥白尼的优势来自于它如何使用超级计算机之间可用的快速通信,与统计采样技术相结合,以在计算集群或超级计算机之间运行并行模拟。

哥白尼允许系统中的每个附加处理器帮助计算更快,更快地运行,称为强大的缩放。以前,在使用超级计算机理解分子动力学时,在单个机器上实现强大的缩放非常困难。

“这种方法应该能够完全在行星上使用任何超级计算机,” Pande said. “对这些极端的强烈缩放是不寻常的。”

折叠@ HOME对于在相对较长的时间尺度上进行的分子模拟有用。但是,Copernicus将成为一个更短的问题的工具,研究人员想要快速解决方案。

计算地,使用Copernicus就像采取Lamborghini耗尽牛奶。另一方面,折叠@ home,“有点像火箭。推出它并发射后,它需要很大的事情,它真的很远,” Pande said. “You don’用它来前往角落商店。”

Sarah Jane Keller是Stanford新闻服务的科学写作实习生。

媒体联系人

Vijay Pande.., Department of Chemistry: [email protected]

丹斯伯尔,斯坦福新闻服务:(650)721-6965, [email protected]



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