随着蠕虫转弯,它的秘密被揭露

由加利福尼亚州的加州大学的研究人员领导的国际科学家队已经开发出一种辨别出先前无表基因的功能的新方法,并将它们放在互动,功能网络中,揭示基因产品如何互动互动关于蜂窝事件。

该研究发表于4月29日期刊Cell。它由主要调查员Karen Oegema,博士学位,博士学位,博士学位,博士学位的癌症研究所的Ludwig癌症研究所的有丝分子机制的实验室,博士队C. Gunsalus,博士学位,助理教授纽约大学生物系的基因组和系统生物学。

超过十年的基因组测序项目已产生全面“parts”建立生物所需的基因列表,是必要的蜂窝构建块的库存。但许多这些基因的功能仍然是未知的,防止研究人员完全解读其细胞途径以及他们的相互作用如何揭示人类疾病。

这项研究的星星之一是Caenorhabditis elegans,一个微小的,多学习的蠕虫,是一种重要的模型系统,用于了解动物细胞中的过程。近年来,科学家们试图创造其基因功能的全身目录,以及其他模型生物的系统目录。这些大规模努力将基因放在互动网络中。在这些网络中,邻近反映了功能的相似性。换句话说,具有类似功能的基因是直接连接的,并且具有不同功能的基因进一步分开。基于其邻近函数所知的基因的邻近,推断出无表达基因的功能。

生成具有解决基因函数差异的功率的功能映射需要大量信息,通常通过“high-content”筛选基因被单独抑制,并且通过拍摄单个细胞的行为来记录后果。

oegema,研究’首先提交人,Rebecca Green,博士,Ludwig Institute和UCSD医学院的博士后研究员,决定采取不同的方法。“我们不是监测单个细胞,我们监测基因抑制对多细胞生物体中复杂组织结构的影响,” said Green. “在这种情况下,C. Elegans的生殖器官。”

科学家发现,抑制线虫中的不同基因产生了对组织结构的显着多样化和信息丰富的谱,基本上创造了一个“fingerprint”对于允许它们预测其功能的每个基因。

Oegema及其同事还开发了一种定量评估基因基因连接的重要性的新方法,使得它们将信息转化为功能基因网络。与Gunsalus和同事合作,他们开发了一种用于可视化基因网络的基于Java的工具,它们为一组818个必需的C. Elegans基因制作了一组综合的功能网络,这已经用于感兴趣的研究人员。

科学家表示,网络将是有用的,可用于预测相关人类基因的功能,并且更广泛的方法可用于在其他生物中产生功能基因网络,包括脊椎动物。

这项研究的资金来自美国癌症协会,Helen Hay Whitney基金会,Ludwig癌症研究所和国家卫生研究院。

该研究的共同作者包括Arshad Desai,Kimberley Laband和Shaohe Wang,所有Ludwig癌症研究所和UCSD医学院; Huey-Ling Kao,Monty Schulman和Fabio Piano,纽约大学;麦迪逊威斯康星州大学安济奥奥卫生和乔纳森R. Mayers; Heidi Fridolfsson和丹尼尔·斯塔尔的UC Davis; Swathi Arur and Tim Schedl,华盛顿大学,圣路易斯; Sherry Niessen,Scripps Research Institute,La Jolla;德国最大普朗克研究所的Siegfried Schloissnig和Anthony Hyman。



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1思考“随着蠕虫转弯,它的秘密被揭露”

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