巴塞罗那IRB和BSC的科学家发表世界’最大的蛋白质视频数据库

在巴塞罗那超级计算中心的超级计算机MareNostrum中进行了四年的密集计算之后,由生物医学研究所(巴塞罗那IRB)的Modesto Orozco领导的科学家向世界展示了’关于蛋白质运动的最大数据库。这个名为MoDEL的新数据库拥有1,700多种蛋白质,并且可以通过Internet部分访问全球研究人员。已经开发了MODEL来研究蛋白质的基本生物学,并加速和促进新药剂的设计。

“如今,我们将药物设计为好像它们要作用的蛋白质是静态的,这对于解释新药物疗法的开发失败有很长的路要走,因为这不是真实的情况。使用MoDEL可以解决此问题,因为它可以为用户提供每种蛋白质10,000至100,000张照片,并且这些照片可以使这些结构移动并允许更精确的设计”,负责人Orozco说“分子建模与生物信息学”巴塞罗那IRB小组成员,巴塞罗那超级计算中心生命科学计划主任,巴塞罗那大学正教授。据该研究人员称,多家制药公司已经在使用MoDEL策略来开发首款抗癌和抗炎药,并将于今年面市。

扩建项目

开发MoDEL的科学家从称为蛋白质数据库(PDB)的国际静态蛋白质结构目录(约40,000)中进行研究。“构成PDB的40,000种蛋白质中有1,700个蛋白质视频可能只占很小的比例,但PDB中的许多结构却非常相似。因此,按照国际公认的相似性标准,我们代表约40%具有已知结构的蛋白质”.

但是对于Modesto Orozco而言,最相关的一点是,MODEL现在涵盖了超过30%具有药理学意义的人类蛋白质结构,也就是说,这些是新药的潜在靶标。“我们通过非常严格的测试获得了该数据,因此我们认为我们实际上涵盖了更多数据。但是,由于系统完善,因此MODEL将继续增长,并且可以更快地实现。”。研究人员认为,主要目标是关注人类疾病中的相关蛋白质,并且在2-3年内覆盖80%的药物靶标。

为了执行MoDEL项目,Orozco及其小组得到了IRB Barcelona,巴塞罗那超级计算中心,MarcelinoBotín基金会,FundaciónGenomaEspaña,国家生物信息学研究所和几个欧洲项目提供的资源的支持。

参考文章

MoDEL(分子动力学扩展库):原子分子动力学轨迹的数据库”.

蒂姆·迈尔(Marc D)’亚伯拉罕,亚当医院,曼努埃尔·鲁埃达,卡尔斯·费雷尔·科斯塔,阿尔贝托·佩雷斯,奥利弗·卡里略·乔迪·坎普斯,卡尔斯·费诺洛萨,德米特里·Repchevsky,何塞普·里尔。 Gelpi和Modesto Orozco。

结构体 (2010年11月10日发行)。



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